2015.2.6 タンパク質の末端配列特異性と同定方法に関する論文が発刊されました-次世代質量分析システム開発と創薬・診断への貢献：最先端研究開発支援プログラム（FIRSTプログラム）

　本PJで開発したソフトウェアに関する論文が既に幾つも発刊されていますが、今回タンパク質の末端配列を用いたタンパク質同定法とそのためのデータベースに関する論文が発刊されました。

　タンパク質は、アミノ酸が鎖状に配列した構造をしています。この両末端部分は特異性が高く、「ほとんどのタンパク質は、両端の5～10個の配列が分かれば唯一に決められる」といわれてきました。
　本研究では、ヒトなど9生物種のプロテオームデータを用い、末端部分の特異性について網羅的な調査を行った結果、(タンパク質中央部分のみが異なるisoform等を除けば) 99％以上のタンパク質がアミノ酸5, 6個程度の末端配列だけで区別できる事が確認されました。
　この結果に基づき、末端配列を入力すると該当するタンパク質配列を検索し、1個に絞り込めない場合末端アミノ酸をあと何個決定すれば唯一になるか計算予測する機能を持ったデータベース”ProteinCarta”を作成し、昨年6月に公開しています。

　本論文では、この調査結果の報告とデータベース機能を解説し、更に本PJで開発されてきた質量分析法を用いてタンパク質末端配列を決定する実験手法と組み合わせ、タンパク質を同定した実例を紹介しています。

Akiyasu C. Yoshizawa, Yuko Fukuyama, Shigeki Kajihara, Hiroki Kuyama, Koichi Tanaka
“Computational Survey of Sequence Specificity for Protein Terminal Tags Covering Nine Organisms and Its Application to Protein Identification”, Journal of Proteome Research, 2015, Vol.14, pp756–767
Koichi Tanaka Laboratory of Advanced Science and Technology

発表資料(論文概略紹介へのリンク)

“ProteinCarta”アクセスサイト