1945
生産再開
8月の終戦翌日に緊急役員会を開き、終戦処理を開始。9月に全従業員が退職したが、翌10月に2,865人の再採用者を決め、11月に生産を再開。第三代社長に鈴木庸輔を選任。再建計画に基づく本格的な活動が始まった。
1947
電子顕微鏡を日本初の商品化
1948
標本部を分離、京都科学標本（株）（現 （株）京都科学）を設立
1951
天皇陛下（昭和天皇）三条工場に行幸
昭和天皇が戦後の民情視察と産業奨励のために京都府下に行幸された折、陛下をお迎えし三条工場の案内をした。電子顕微鏡室では、陛下がご研究の珪藻を、電子顕微鏡でご覧になった。
1953
国産初の直読式発光分光分析装置（カントレコーダ）の販売開始
1956
航空機器部門を開設
日本初のガスクロマトグラフ（GC）の販売開始
ガスクロマトグラフ（GC）の商品化に成功。石油製品、溶剤、薬品、食品原料などの成分分析に革新をもたらした。GCは、化学産業や食品産業の発展とともに広く普及し、現在もGCのトップメーカーとして分析装置を開発し続けている。
1961
世界初遠隔式X線テレビジョンシステムの販売開始
1963
ニューヨークに駐在員事務所を開設
1968
西ドイツにShimadzu（Europa）GmbH（SEG社）を設立
